Plateforme de Génomique du CIML
Créée en 2019, la plateforme de génomique du CIML permet d’offrir une expertise sur les technologies de pointes en transcriptomique et en génomique au sein de l’institut. La plateforme est composée du responsable scientifique Pierre Milpied (chef d’équipe INSERM, expert single-cell RNA-seq), assisté d'un comité de pilotage constitué de Noushin Mossadegh-Keller (Ingénieure CNRS, experte en analyses d’expression génique à l’échelle single-cell utilisant le système Biomark Fluidigm), Sandrine Roulland (cheffe d’équipe INSERM, experte criblage CRISPR/Cas9), Sébastien Jaeger (Ingénieur CNRS, responsable technique de la plateforme de bioinformatique du CIML), Lionel Spinelli (Ingénieur AMU, analyste expert de la plateforme de bioinformatique du CIML), et Laurine Gil (Ingénieure INSERM sous contrat, experte préparation de librairies NGS et scRNA-seq).
La plateforme de génomique du CIML permet aux chercheurs et aux personnels scientifiques du CIML d’avoir à disposition et d'accéder facilement à des technologies d’analyse génomique de pointe en accord avec leurs projets scientifiques, grâce à différents services/missions :
1. Développer, élaborer et mettre à disposition des protocoles basés sur les technologies bulk RNA-seq ou scRNA-seq (Pierre Milpied, Laurine Gil) et la PCR quantitative en temps réel incluant la qPCR à l’échelle single-cell (Noushin Mossadegh-Keller).
2. Assurer la formation du personnel du CIML sur ces technologies.
3. Proposer une aide à l’élaboration et à la gestion de projets utilisant le séquençage à haut débit et/ou l'expression génique par qPCR (de la conception expérimentale à l'analyse des données, en collaboration étroite avec la plateforme de bioinformatique du CIML).
4. Développer, élaborer et mettre à disposition des protocoles utilisant la technologie CRISPR/Cas9 dans divers modèles cellulaires, de la conception expérimentale (Sandrine Roulland) à l'analyse bioinformatique. Les développements actuels visent à combiner le criblage CRISPR/cas9 à haut débit avec le séquençage de l'ARN à l’échelle single-cell ainsi qu’une approche épigénétique.
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5. Assurer l’entretien et la maintenance du matériel et des équipements de la plateforme.
